كان لعلم الكلام -وما يزال- آثاره الخطيرة على الأمة الإسلامية، ومن ذلك: 1- إخضاع عالم الغيب لعالم الشهادة: فالمتكلمون يتحدثون عن الله تعالى واليوم الآخر، وسائر الغيبيات مستخدمين المصطلحات والمعايير التي وضعوها للأمور المشاهدة مثل: (الجوهر، العرض، الكمية، الكيفية، الحدوث، التغير). 2- إثارة الشكوك والريب في أمور قطعية يجب الإيمان والتسليم بها بلا اعتراض ولا مناقشة، مثل: قضية إثبات وجود الله تعالى، وكون العالم مخلوقاً. 3- افتعال التعارض بين العقل الصريح والنقل الصحيح، مثل: تكذيب الأحاديث المتفق على صحتها بدعوى مخالفتها للعقل، وأحياناً يذكرون أحاديث موضوعة ويقولون: هذا مما ورد به السمع وإن خالف العقل. 4- تحويل الفائدة الإيمانية إلى قضايا عقلية جافة وجدل فارغ طويل لا أثر له في الإيمان ولا الأخلاق. 5- فتح الباب للملاحدة والحاقدين للطعن في الإسلام، وذلك لأن المتكلمين يزعمون أن الإسلام هو ما قرروه وأثبتوه من القضايا. فإذا رأى الملاحدة ضعفها وخطأها واستطاعوا نقدها توجه هذا الخطأ والنقد إلى الإسلام نفسه- عياذاً بالله. 6- تفريق الأمة وفتح باب الخصومة بين المسلمين في أمور ما أنزل الله بها من سلطان، ولا تعبد الناس بمعرفتها. فكل طائفة من المتكلمين تكفر الأخرى، بل ربما كفر التلميذ شيخه وكفر الابن أباه.